XVI a. antroje pusėje vykęs Livonijos karas smarkiai paveikė Lietuvos valstybės politinę raidą. Stiprėjanti ir didelę grėsmę kelianti Rusija privertė Lietuvą stoti į dar glaudesnę sąjungą su Lenkija ir atsisakyti dalies suverenumo. 1569 m. sudaryta Liublino unija suformavo bendrą Lenkijos ir Lietuvos konfederaciją – Abiejų Tautų Respubliką.
Pasibaigus Livonijos karui ir po kelerių metų mirus valdovui Steponui Batorui, valstybės valdymą perėmė švedų Vazų dinastijos atstovai. Jų tarpusavio kova dėl valdžios tapo karo su Švedija priežastimi. 1600 m. rudenį švedų kariuomenė iš Talino ir Narvos pajudėjo pietų kryptimi. Per kelis mėnesius jie pasiekė Dauguvos upę. Tuo metu Livoniją bendrai valdė Lietuva su Lenkija. Valdovui Zigmantui Vazai teko organizuoti gynybą prieš savo dėdės Karolio IX vadovaujamą kariuomenę.
Abiejų Tautų Respublikos ir Švedijos karas su pertraukomis truko iki 1629 m. Į jį įsiterpė ir karas su Rusija. Vėliau šių dviejų valstybių kariuomenės vis labiau artinosi prie Lietuvos branduolio. XVII a. pirmoje pusėje šie karai dar nelietė Kauno, tačiau pavieto bajorai dalyvaudavo kariniuose veiksmuose ir tai atsiliepė miesto bei pilies gyvenimui.
Nors miestiečiai neturėjo karo prievolės, bet privalėjo mokėti mokesčius kariuomenei remti bei gaminti ginklus ir kitą karinę amuniciją.
Negana to, patys jie ir nukentėdavo nuo savos kariuomenės. 1623 m. Kauno gyventojai skundėsi valdovui Zigmantui Vazai, kad dėl nuolatinio apsistojusių kareivių aprūpinimo arba jų savivalės ir plėšikavimo patyrė didelių nuostolių, nuskurdo ir įsiskolino.
Miesto pašonėje esanti Kauno pilis toliau atliko savo, kaip pavieto administracinio centro, funkciją. Čia posėdžiavo seimelis ir veikė bajorų teismai. 1601 m. Abiejų Tautų Respublikos seime priimtoje konstitucijoje buvo įrašyta: Pasiuntinių prašymu ir bendru leidimu amžiniems laikams suteikiame Kauno pavieto gyventojams mūrinį briaunuotą bokštą Kauno pilyje, kurį suremontuoti savo sąskaita privalo ir turės jį amžinai žemės teismų vykdymui ir knygų saugojimui, ir kalėjimui.
1611 m. seimo priimtoje konstitucijoje matome, kad „amžinai“ truko neilgai: „Kadangi Kauno pilies bokštas, mūsų 1601 m. konstitucija žemės teismui skirtas, iš pamatų paplautas Neries upės vandens į tą upę nuvirto ir nuneštas buvo, to pavieto gyventojų prašymu ir bendru pasiuntinių leidimu amžiniems laikams suteikiame sklypą teismo pastatui pastatyti, knygų saugyklai sumūryti ir kalėjimui įrengti.“
Pavieto bajorai neskubėjo statyti naujo pastato teismui, o naudojosi seimo leidimu laikinai rengti posėdžius pasirinktuose miestiečių namuose. Miestiečiai tam negalėjo pasipriešinti, nes seimas buvo aukščiausias įstatymų leidimo organas valstybėje.
Apie tolesnę Kauno pilies būklę galima spręsti iš 1638 m. konstitucijos įrašo, kuriame teigiama, kad Lietuvos didysis kancleris ir Kauno seniūnas Albertas Stanislovas Radvila savo lėšomis suremontavo Kauno pilies bokštą. Tikėtina, kad valdovui artimas didikas rūpinosi ne tiek Kauno pilies, kiek savo paties įvaizdžiu. 1636 m. kovą, keliaudamas iš Karaliaučiaus į Vilnių, vienai dienai Kaune apsistojo Vladislovas Vaza. Radvila suorganizavo valdovui ištaigingą priėmimą Kauno pilyje. Pamatęs Neries paplautą kadaise didingą pilį, Vaza galbūt ir įpareigojo kanclerį pasirūpinti likusių bokštų tvarkyba.
1648 m. Abiejų Tautų Respublikos valdovu tapus Jonui Kazimierui Vazai, artėjo patys neramiausi laikai nuo pat kovų su kryžiuočiais pabaigos. Netrukus užklupę įvykiai Kauno piliai tapo lemtingi.
Kauno miesto muziejaus Pilies skyriaus edukatorius Giedrius Karpinskas
