Pirmosios evangelikų liuteronų bendruomenės Lietuvoje pradėjo kurtis XVI amžiuje. Statistiniai duomenys liudija, kad XIX a. pab. etninės Lietuvos teritorijoje buvo skaičiuojama apie 80 tūkstančių evangelikų liuteronų, kurie turėjo net 52 parapijas (priskaičiuojant jų filijas). Prie tikinčiųjų skaičiaus augimo ypač prisidėjo palankios migracijos sąlygos. Būtent migracijos procesai lėmė tautiškai mišrių evangelikų liuteronų parapijų susidarymą etninės Lietuvos teritorijoje. Rusijos valdžia noriai priimdavo atvykėlius iš Rytų Prūsijos (dauguma jų buvo evangelikų liuteronų tikėjimo), ypač amatininkus, nes buvo stengiamasi kolonizuoti kraštą. Tokiu būdu Užnemunės teritorijoje dauguma naujakurių buvo vokiečių kilmės, o Kuršo teritorijos pasienyje daugiausiai kūrėsi latviai. Todėl ir evangelikų liuteronų parapijos atitinkamai buvo mišrios: vokiečiai ir lietuviai, latviai ir lietuviai. Iki XX a. pradžios išimtinai tik lietuviškų evangelikų liuteronų parapijų nebuvo, o grynai vokiškos parapijos buvo tik Kaune ir Vilniuje.
1918 m. Lietuvai paskelbus nepriklausomybę prasidėjo valstybės pamatų kūrimas. Tautiškai mišriai Lietuvos evangelikų liuteronų bendruomenei taip pat reikėjo galvoti apie savarankiškos Bažnyčios kūrimą, nes Pirmojo pasaulinio karo pabaigoje nutrūko Lietuvos evangelikų liuteronų parapijų ryšys su Kuršo Konsistorija. Anksčiau dviems skirtingoms Konsistorijoms (Augsburgo ir Kuršo) priklausę evangelikai liuteronai turėjo susitelkti į vieną centrą su nauja Konsistorija ir viena centrine administracija, kuri tenkintų visų trijų tautinių grupių poreikius. Oficialiai Lietuvos Evangelikų Liuteronų Bažnyčia įsteigta 1919 metais. Bažnyčios administracinis centras buvo įkurtas Kaune. Nuo 1923 m. pagrindinis Evangelikų Liuteronų Bažnyčios valdymo organas – Konsistorija, įsikūrė Kauno liuteronų parapijai priklausančiose patalpose dabartinėje Muitinės g. 8 (tuo metu Marijampolės ir Gardino g. kampe).
Dar 1919 m. spalio 15 d. įvyko pirmasis visuotinis Lietuvos evangelikų liuteronų sinodas, kurio metu buvo išrinkta Laikinoji Bažnyčios vadovybė. Tačiau į bendrą Sinodą Lietuvos evangelikai liuteronai susirinko tik vieną kartą, tad vieningos Bažnyčios susidarymo galimybės buvo komplikuotos. Per visą 1919–1940 m. laikotarpį visos trys tautinės grupės rinkosi į tris atskirus tautinius sinodus – vokiečių, lietuvių ir latvių.